《聖劍傳說3：重製版》畫面上已經全面進化，不過遊戲仍然保持了選擇一名故事主線角色以及另外兩名好友的方式。隨著好友的不同，遊戲的故事和結局也會有所差別。《聖劍傳說3重製版》的戰鬥系統加入了跳躍功能，這是原版《聖劍傳說3》所沒有的。