此作的遊戲故事是緊接在八代Mortal Kombat: Armageddon《真人快打:末日戰場》之後的情節，但時空背景會來到最初的一、二、三代的故事發生之際。故事主線會由雷神開始，就在紹康（Shao Kahn）要殺死他之際，他向過去的自己（一代）傳遞了訊息。接著故事就會回到一代的時空，雷神會嘗試去了解自己所接收到的異象和訊息，以避免一連串將會招致大毀滅的事件發生，因此這次的故事背景雖然回歸到前三代，但故事劇情卻會有著大幅度的變化。 玩家在故事進行當中將會切換到不同的角色，開發者表示，在一般的動作格鬥遊戲中，通常故事是最容易遭到忽略的部份。但在本作中，不同的舉動將會影響故事有不同的發展。