9個月前，“超級戰士”，和他的F.E.A.R.小隊被派去阻止一個天生具有精神感應能力的食人者，此人正到處殘害生命。超級戰士發現目標其實是他的兄弟佩克斯頓·菲特爾，與他一起的正是他們那個受盡折磨且心靈感應能力強大的母親阿爾瑪·韋德。儘管得知了這個事實，“超級戰士”按照命令消滅了他們，隨後摧毀了周邊城市、殺死了他的F.E.A.R.小隊大部分隊友。現在，顯然阿爾瑪的心靈影響仍然存在— 更糟糕的是，她即將誕下有可能毀滅世界的某種東西。 而菲特爾也不知何時死而複生，對超級戰士糾纏不休地要他幫忙接近阿爾瑪。幸存的F.E.A.R.小隊仍然試著完成他們的任務。Point Man已經脫離組織指揮、獨自行動，還能指望他對組織的忠誠嗎？ F.E.A.R. 3 引入分離式合作模式，讓玩家以自己的獨特風格和能力來影響自己的遊戲過程以及與之合作者的遊戲體驗。玩家單獨進行遊戲或進行合作模式，扮演原屬F.E.A.R部隊的經過基因增強改造的超級戰士超級戰士，或者他們可以在遊戲中合作，扮演主角不為人知的兄弟佩克斯頓·菲特爾，他那令人難以置信的瞬間轉移能力使他自己可以超越生死。