《惡魔獵人3》的故事劇情拉回一代之前，敘述剛成立惡魔獵人事務所的但丁（Dante），在神秘男子帶來口信後，展開了與眾多入侵惡魔的對決，與但丁為雙胞胎兄弟關係的維吉爾（Vergil），也將以敵對的身分登場，展開一場西洋雙手劍對日本武士刀的華麗對決。