《妄想破綻》將劇情背景設定在了近未來的20XX年，在這個未來世界中，隨著科技的不斷發展，地球資源逐漸枯竭，政治形勢緊張。這時，一家以生物科技起家的新能源公司「瑞恩梅克生物科技」，研發出了分子重構技術。這一技術的問世徹底改變了世界。為了爭奪這個可以點石成金的尖端科技，人類開始了漫長的戰爭。最終，「瑞恩梅克生物科技」將分子重構技術投入戰爭，徹底摧毀其他勢力，取得了最終的勝利。運用分子重構技術建立起新都市。若乾年後，在人類世界最後的淨土上，一個看似普通的學生，化作了網絡世界的“幽靈，無意中碰觸了這個世界的”禁忌“，於是一段反烏托邦式冒險就此展開……