《零之軌跡》開始於《空之軌跡the 3rd》結束的數月後，故事的舞台是大陸西部的克洛斯貝爾自治州。 　　克洛斯貝爾曾是帝國跟共和國爭奪之地，如今則發展為大陸屈指可數的貿易金融都市。中心城市克洛斯貝爾市的規模，大約是前作利貝爾王都格蘭塞爾的4到5倍左右。因為帝國與共和國的壓力，受兩國左右的官員們的政治鬥爭不斷擴大，加上黑社會與國外犯罪組織的崛起，紛爭事件頻發。 　　為防止事件衝突進一步升級，克洛斯貝爾警察局新成立了特別任務搜查科，匯集了新人搜查官羅伊德·班寧斯，市長孫女艾莉·麥克道爾，年輕的魔導師緹歐·布拉托以及原警備隊員蘭迪·奧蘭多，他們將會在這個光與暗的巨大都市裡開創全新的冒險！