《十三機兵防衛圈》將會以13位主角的視角來講述故事的發展。《十三機兵防衛圈》的故事背景設定在現代的日本，而在一場名為“那一天（that day）”的事件後絕望席卷了整個區域。然而，初生牛犢不怕虎，一位名叫“鞍部十郎”的男孩站了出來並發起了反擊。